في عام 1989، تصور عشرة رجال أعمال قطريين فكرة إنشاء مستشفى الأهلي، الذي كان من المقرر أن يضم 100 سرير ويهدف إلى تحقيق الربح، ويتخصص في طب الأطفال وأمراض النساء والتوليد. وبعد عام من التخطيط للمشروع، تقدمت هذه المجموعة الخاصة المحفزة من المساهمين بطلب المساعدة من صاحب السمو الأمير الشيخ خليفة بن حمد آل ثاني؛ وفي عام 1990، منحتهم حكومة قطر عدة هكتارات من الأراضي الواقعة في شارع أحمد بن علي (موقعه الحالي) بشرط بناء منشأة رعاية صحية جديدة.
في السابع عشر من ديسمبر 1995، صدر مرسوم أميري رسمي من مكتب صاحب السمو الأمير الشيخ حمد بن خليفة آل ثاني، أعلن بموجبه أن شركة مستشفى الأهلي (التي تسمى الآن مجموعة ميديكير ش.م.ق) شركة مساهمة عامة.
وبفضل دعم صاحب السمو الأمير، نجح هذا المشروع الصحي في جذب أفراد آخرين للمشاركة كمساهمين. وقد تزايد عدد المؤسسين الأصليين العشرة إلى نحو مائة عضو مؤسس، وتم انتخاب لجنة تأسيسية في عام 1996 برئاسة السيد عبد الرحمن عيسى المناعي.
وقامت اللجنة التأسيسية بمراجعة خطة المشروع وقررت في النهاية بناء مستشفى عام خاص بسعة 250 سريراً يقدم خدمات رعاية صحية من فئة الخمس نجوم في بيئة مريحة، مستشفى يجعلك تشعر وكأنك في فندق فاخر
ومع انتخاب مجلس الإدارة الجديد (رئاسة الشيخ ثاني بن عبد الله آل ثاني) في عام 2001، تم تحويل القرض المجمع الذي حصل عليه المجلس من البنوك لبناء مستشفى الأهلي إلى تسهيل تمويل إسلامي لجعله متوافقاً مع الشريعة الإسلامية ومتوافقاً مع النظام الأساسي للشركة. وبعد ذلك قامت الشركة بسداد إجمالي مبلغ القرض من إصدار حقوق جديدة وأصبحت الأهلي خالية من الديون لأول مرة ومملوكة بالكامل لمستثمريها في عام 2006. تم الانتهاء من المستشفى أخيرًا في 1 يناير 2004 وافتتح خدماته رسميًا للجمهور في نوفمبر 2004
